Desde sus orígenes El Colegio de México demostró interés genuino en estudiar y recopilar las diferentes expresiones de la tradición oral y popular. En 1940 Justino Fernández, Vicente T. Mendoza y Antonio Rodríguez Luna publicaron La Danza de los concheros en San Miguel de Allende. El catálogo de obras dedicadas a nuestras tradiciones se amplió en los siguientes años con la publicación de El Cancionero de Upsala (1943), editado por Jesús Bal y Gay; La lírica infantil de México (1951), de Vicente T. Mendoza; y El romance tradicional en el Perú, de Emilia Romero. Luego vendría El Cancionero Folklórico de México (1975-1985), obra emblemática dentro de los estudios de la tradición oral y popular.
Las actividades de la Fonoteca comenzaron en febrero de 1986. Mercedes Díaz Roig, en ese momento directora del Seminario de Tradiciones Populares del CELL, invitó a Irene Vázquez Valle, iniciadora de la Fonoteca del INAH, a participar en el proyecto de constituir una fonoteca especializada en literatura oral. El objetivo sería fomentar las actividades de trabajo de campo, investigación y preservación de nuestras tradiciones orales. La creación de la fonoteca respondió a la necesidad de preservar los registros sonoros obtenidos por diferentes investigadores del Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios (CELL), entre los que se encontraban las grabaciones obtenidas en trabajo de campo para elaborar el Cancionero Folklórico de México. La Fonoteca del CELL daría continuidad a la monumental labor realizada en el Cancionero al incorporar la música, el canto y demás aspectos ligados al contexto de ejecución. Yvette Jiménez de Báez coordinó el proyecto desde 1989 hasta 2024. Actualmente, Nieves Rodríguez Valle dirige la Fonoteca con el mismo enfoque interdisciplinario.
El trabajo de campo nos ha llevado a realizar un registro sistemático en diferentes regiones del país como la Sierra Gorda de Querétaro, el Altiplano y la Zona Media de San Luis Potosí, el Noreste de Guanajuato, El Sotavento veracruzano y la Sierra-Costa de Michoacán; también, el registro de materiales de múltiples géneros como el huapango arribeño, la chilena, los sones de mariachi, jarabes, sones jarochos, corridos, canciones, valses, pasos dobles, chotises, marchas y minuetes, además de cuentos, leyendas, historias de vida, hojas volantes y libretas de trovadores. Esta labor de recolección y conservación ha hecho del Seminario un referente para los estudios de la tradición popular. Una parte significativa del acervo está constituida por materiales de la décima y la glosa en décimas. El archivo del Seminario de Tradiciones Populares resguarda 1025 grabaciones de audio, 277 imágenes digitales y analógicas, 130 registros audiovisuales y 54 libretas de trovadores.
El estudio de estos materiales ha impulsado el desarrollo de proyectos específicos como La décima popular en México y Puerto Rico o la fiesta de la Candelaria, además de numerosas investigaciones individuales. Este esfuerzo colectivo, que suma más de tres décadas, se ha concretado en libros, artículos, capítulos de libro, congresos, encuentros y exposiciones.