Desde sus orígenes El Colegio de México demostró interés genuino en estudiar y recopilar las diferentes expresiones de la tradición oral y popular. En 1940 Justino Fernández, Vicente T. Mendoza y Antonio Rodríguez Luna publicaron La Danza de los concheros en San Miguel de Allende. El catálogo de obras dedicadas a nuestras tradiciones se amplió en los siguientes años con la publicación de El Cancionero de Upsala (1943), editado por Jesús Bal y Gay; La lírica infantil de México (1951), de Vicente T. Mendoza; y El romance tradicional en el Perú, de Emilia Romero. Luego vendría El Cancionero Folklórico de México (1975-1985), obra emblemática dentro de los estudios de la tradición oral y popular.
Las actividades de la Fonoteca comenzaron en febrero de 1986. Mercedes Díaz Roig, en ese momento directora del Seminario de Tradiciones Populares del CELL, invitó a Irene Vázquez Valle, iniciadora de la Fonoteca del INAH, a participar en el proyecto de constituir una fonoteca especializada en literatura oral. El objetivo sería fomentar las actividades de trabajo de campo, investigación y preservación de nuestras tradiciones orales. La creación de la fonoteca respondió a la necesidad de preservar los registros sonoros obtenidos por diferentes investigadores del Centro de Estudios Lingüisticos y Literarios (CELL), entre los que se encontraban las grabaciones obtenidas en trabajo de campo para elaborar el Cancionero Folklórico de México. La Fonoteca del CELL daría continuidad a la monumental labor realizada en el Cancionero al incorporar la música, el canto y demás aspectos ligados al contexto de ejecución. Yvette Jiménez de Báez ha dirigido el proyecto desde 1989 con el mismo enfoque interdisciplinario.
El trabajo de campo nos ha llevado a realizar un registro sistemático en diferentes regiones del país como la Sierra Gorda de Querétaro, el Altiplano y la Zona Media de San Luis Potosí, el Noreste de Guanajuato, El Sotavento veracruzano y la Sierra-Costa de Michoacán; también, el registro de materiales de múltiples géneros como el huapango arribeño, la chilena, los sones de mariachi, jarabes, sones jarochos, corridos, canciones, valses, pasos dobles, chotises, marchas y minuetes, además de cuentos, leyendas, historias de vida, hojas volantes y libretas de trovadores. Esta labor de recolección y conservación ha hecho del Seminario un referente para los estudios de la tradición popular. Una parte significativa del acervo está constituida por materiales de la décima y la glosa en décimas. El archivo del Seminario de Tradiciones Populares resguarda 1025 grabaciones de audio, 277 imágenes digitales y analógicas, 130 registros audiovisuales y 54 libretas de trovadores.
El estudio de estos materiales ha impulsado el desarrollo de proyectos específicos como La décima popular en México y Puerto Rico o la fiesta de la Candelaria, además de numerosas investigaciones individuales. Este esfuerzo colectivo, que suma más de tres décadas, se ha concretado en libros, artículos, capítulos de libro, congresos, encuentros y exposiciones.